原发性三叉神经痛的原因尚无一致的意见，大致归纳为中枢性与周围性两种学说。中枢性病因学说认为，阵发性单神经痛提示一种感觉性癫痫的放电，放电部位可能在神经脊束核内或中枢其它部位。周围性病因学说认为，在半月节到桥脑之间的后跟部分，有以下病变，1、机械性压迫或牵拉神经根；2、动脉硬化引起神经供血不足；3、多发性硬化或脱髓鞘疾病；4、家族性三叉神经痛。