脖子上长扁平疣，主要采用外用药物治疗和物理治疗。如果扁平疣数目较多或者近期有很多新发的皮疹，可能需要口服药物进行系统治疗，常用外用药物有干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏、维A酸类药膏以及水杨酸等。干扰素凝胶是一种广谱抗病毒药，目前是临床主要用药，咪喹莫特乳膏效果也比较理想。
在物理治疗上，主要是用于扁平疣数目较少的情况，包括冷冻、电灼、刮除和激光等。此外，也可以采用手术包埋的方法，通过手术的方式将自身疣体置入皮下脂肪层，从而刺激机体产生抗病毒抗体，以清除病毒，可以显著扁平疣复发率。所以当脖子上出现较少扁平疣时，可以选择物理治疗和外用药治疗。当脖子上出现较多数目皮疹、扁平疣时，可以采用手术包埋以及药物进行系统治疗，具体治疗情况需要以临床医生指导为准。