多发性肾囊肿的发病原因，一般是先天性、遗传性等因素所造成，这时患者还应伴有多发性肝囊肿等疾病。如果患者没有其他任何症状，及化验检查各项都正常的情况下，可暂时不予以处理，平时定期复查即可，一般六个月至一年复查一次。
如果患者出现血尿，伴有尿频、尿急、尿痛的感觉，这时考虑是肾囊肿破裂，伴有泌尿性感染，应给予止血、抗炎等治疗。经以上治疗，症状应该能够得以缓解。
如果患者复查发现肾功能出现异常，如尿素氮、肌酐升高，这时应给予保护肾功能，可以服用尿毒性颗粒、海昆肾喜胶囊等药物降肌酐。如果患者出现肌酐大于707μmol/l，这时可以给予透析治疗。