小的甲状腺囊肿不需要治疗，囊肿属于良性的占位性疾病，不影响甲状腺合成和释放甲状腺素。比较大的甲状腺囊肿，则有可能压迫甲状腺组织，影响到甲状腺功能，还有可能压迫气管影响到呼吸功能，则可以做囊肿的穿刺抽液术治疗，这种方法比较简单，不过术后容易复发。还可以做甲状腺囊肿切除术，手术相对大一些，可以达到根治的目的。