包皮龟头炎的病原微生物非常复杂，在感染性包皮龟头炎当中，病原微生物包括白色念珠菌、滴虫、衣原体、支原体和各种细菌。由于病原微生物的不同，临床表现也不尽相同，比较常见的包括急性浅表性包皮龟头炎、环状糜烂性包皮龟头炎、白色念珠菌性包皮龟头炎，以及滴虫性包皮龟头炎。
总的治疗原则来说，不管是哪种病原微生物，都是要消炎、杀菌内外兼治，主要是根据病原微生物的不同，选择合适的口服抗生素。对于细菌感染，可以选用针对革兰氏阳性球菌的抗生素。滴虫性包皮龟头炎患者，可以口服甲硝唑。对于白色念珠菌型包皮龟头炎，常用的是曲古霉素和伊曲康唑。滴虫性包皮龟头炎外用药物，通常应用乳酸溶液、醋酸溶液或者高锰酸钾溶液冲洗。念珠菌性包皮龟头炎可用碳酸氢钠溶液，或者咪唑类软膏，进行局部的涂抹。细菌感染引起的包皮龟头炎，通常应用硼酸水、雷夫诺尔溶液，来清洗患部。