再生障碍性贫血治疗上主要分为支持治疗和病机治疗，支持治疗以纠正贫血、预防出血以及控制感染为主，合并肝功能损害者需要护肝治疗。针对发病机制的治疗主要是免疫抑制剂的使用，抗淋巴/胸腺细胞球蛋白主要用于重型再障，环孢素适用于所有再障。非重型再障经免疫抑制治疗后可缓解甚至治愈，重型再障免疫抑制治疗免疫抑制治疗往往效果相对较差，小于40岁且无感染等并发症者，有合适供者可选用造血干细胞移植。