肝内胆管结石是有可能排出来的，较小的肝内胆管结石可以通过三级胆管、二级胆管，最终进入肝总管、胆总管，形成继发性的胆总管结石，继发性胆总管结石也有可能最终通过肝胰壶腹、Oddi括约肌，最终排入十二指肠。但是临床上出现这种情况的几率很小，而且在结石通过肝胰壶腹以及括约肌时，容易造成结石嵌顿，引起急性梗阻性胆管炎以及胆源性胰腺炎。这些疾病均会造成严重的后果，不仅会引起患者的剧烈疼痛，还有可能出现感染性休克、胰腺出血坏死等严重并发症，从而危及患者的生命。因此临床上并不将肝内胆管排石治疗作为常规的治疗方式，这也是禁忌的。