尖锐湿疣药物治疗的方法，主要是外用药涂抹，可以用咪喹莫特乳膏或者是鬼臼毒素乳膏进行涂抹，对部分病例可以达到清除疣体的目标。
如果外用药不能清除疣体，还需要联合物理治疗，物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、微波治疗等，都是通过物理治疗直接破坏疣体，达到清除的疣体的目的。尖锐湿疣治疗的目的是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，减少复发，改善精神压力，达到美观需求等。大多数患者治疗之后，皮损可以改善或消除，治疗可能会减少HPV感染，但是很可能不会根除感染。