脑干胶质母细胞瘤治愈的难度非常大，因为脑干位置的特殊性主要是根治性手术切除，难度会增大。对于胶质母细胞瘤血管瘤，如果不能实施根治性手术切除，不可能达到治愈的目的。因此，对发生在脑干的胶质母细胞瘤，主要是根据情况做手术切除、术后的辅助放化疗，或者同步放化疗。
因为脑干位置是生命中枢、呼吸心跳中枢，如果发生严重的脑水肿、颅高压会导致心跳呼吸骤停，而导致患者死亡的情况。因此，对发生在脑干的胶质母细胞瘤首选是做根治性手术切除，因为位置特殊，根治难度非常大，术后有残留，术后配合同步放化疗及配合辅助化疗一个周期。