二、三脚趾疼痛的原因比较多，常见于外伤、类风湿性关节炎、感染、痛风、强直性脊柱炎、骨肿瘤等。单纯的二、三脚趾疼痛，很难确定具体病因，需要进一步检查才能确定。
二、三脚趾常用的检查方法包括化验和影像检查，化验可初步鉴别类风湿性关节炎、肿瘤、感染等疾病。影像检查包括X线平片、CT、磁共振和超声等，影像检查在诊断中占有很重要的地位。平片能够检查骨质的变化，发现骨折、肿瘤等，而CT能够发现细微的骨折和脱位，以及一些软组织疾病。磁共振除了能发现骨质的变化之外，对软组织的变化也有较高的价值。超声检查对软组织的检查效果，有时超过上述检查方法，对诊断更有意义。