酞丁安软膏和阿昔洛韦软膏比较来说，酞丁安软膏更适合用来治疗扁平疣。阿昔洛韦软膏是一种抗病毒药物，主要治疗局限于一些疱疹病毒，包括单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等等，但是扁平疣不是疱疹病毒引起来的，而是人乳头瘤病毒感染所引起来的皮肤病变，所以使用阿昔洛韦软膏来治疗扁平疣是无效的。
酞丁安软膏的成分酞丁安也是一种抗病毒的药物，对于单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒也是有效的，但是它的抗菌、抗病毒作用似乎更广泛一些。有研究表明它对于沙眼衣原体，还有皮肤癣菌等真菌都有比较好的治疗作用。虽然没有实验研究证实酞丁安对于人乳头瘤病毒也有明确的抑制作用，但是临床上确实有人使用酞丁安软膏治疗扁平疣，有治疗成功的报道，所以临床上它还是有一定效果的。当然具体作用机制有待研究，不排除有一些新的抗HPV病毒的机制使酞丁安对扁平疣治疗有效。