鼻窦炎手术有一定的风险，目前鼻窦炎的手术方案主要是做鼻内镜下鼻窦开放手术，比较常见的手术风险是术中、术后大出血。术后出现嗅觉减退、鼻腔粘连，也有可能会引起眼眶的损伤，出现眶周青紫、眶周淤血。患者可能会引起视力下降、眼球活动障碍，有少部分患者会出现颅底骨折，或者引起脑脊液鼻漏。
总体来说，鼻窦炎手术技术比较成熟，大部分患者并不会出现明显的手术并发症。因此，虽然有手术风险，但是发生手术风险的概率比较低，大部分患者在手术之后的1-3个月左右就可以康复。