阿昔洛韦软膏治疗扁平疣没有副作用，但是通常也没有什么治疗效果，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种常见的病毒性皮肤病，主要好发在颜面部、手背部、前臂部位，表现是一些质地比较硬、米粒大小，褐色、肉色的这种小的丘疹，通常是采用物理疗法，比如二氧化碳激光、液氮冷冻等方式将其去除，也可以外用一些具有腐蚀性，或者广谱抗病毒的药物，比如使用氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏等等进行治疗，有作用。
阿昔洛韦软膏的主要成分是阿昔洛韦，是针对疱疹病毒的一种抗病毒药物，对单纯疱疹、带状疱疹效果比较好，但是对人乳头瘤病毒，通常没有什么直接的效果，所以用阿昔洛韦软膏来治疗扁平疣没有效果，当然也谈不上有什么副作用。