真菌性腹膜炎，主要治疗目标分两部分：消除感染和保护腹膜。一旦确立腹腔真菌感染的诊断，应立即拔除腹透管，并转为血液透析。若腹透液非常浑浊，应继续腹腔冲洗至清亮；同时给予全身抗真菌药，全身抗真菌药。经验性抗真菌治疗可给予氟康唑，若已有唑类药物使用史，推荐两性霉素B或棘白菌素类。培养结果返回后，依据不同种类真菌调整抗真菌药物治疗。若培养为白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌，可使用氟康唑200毫克/天。治疗的持续时间一般为2-4周。若培养为克柔念珠菌或光滑念珠菌，建议两性霉素B或棘白菌素，疗程4周。如果培养为霉菌，建议两性霉素B，直到确定特定的菌种，并给予最适当的抗真菌药物。对曲霉菌属，口服伏立康唑，可合理的替代两性霉素B。患者应接受至少4周的治疗，直至所有症状和体征都已消失。若培养为暗色霉菌，应口服伊曲康唑或伏立康唑。患者应接受至少4周的治疗，直至所有症状和体征都已消失。