临床上认为直肠高级别上皮内瘤变属于直肠癌前病变的一种，所谓癌前病变即为癌症的前兆，直肠高级别上皮内瘤变很容易发展成直肠癌。对于直肠内高级别上皮内瘤变，目前建议采取手术治疗，应根据术前变化的情况选择内镜下切除病变部位，对于高度怀疑恶变的，则可能需要根据具体的情况切除病变的肠段。
术后应多注意休息，饮食清淡温和，避免摄入生冷、辛辣的食物，多吃蔬菜、水果，保持大便通畅，避免便秘而且要定期复查肠镜，观察有无复发。