蛋白尿如何治疗取决于引起蛋白尿的具体肾脏疾病的病理改变，还有蛋白尿的轻重程度，以及是否存在合并症。如最常见的IgA肾病。
如果患者仅表现为轻度的蛋白尿，血压正常、肾功能也正常，选用血管紧张素转化酶抑制剂或血管紧张素Ⅱ受体阻滞剂，控制血压的同时也能起到减少蛋白尿的作用，大部分患者的蛋白尿能够得到有效的控制。
如果患者伴有大量的蛋白尿，肾脏病理表现为广泛的足细胞的损伤，则需要采用激素或者激素联合其它的免疫抑制剂，如雷公藤、来氟米特、吗替麦考酚酯等治疗。