肛周脓肿是一种比较常见的肛周感染性疾病，但是导致肛周脓肿的原因其实是较多的，比如表浅的软组织和皮肤感染，可以表现为肛周脓肿，这种肛周脓肿起病相对较短，不会迁延不愈，脓肿切开引流以后只要治疗得当，炎症很快便可以控制，并且不再复发。
如果是肛瘘造成的肛周脓肿，由于脓肿本身的形成和直肠肛管内部的病变密切相关，这种脓肿常常反复发作，迁延不愈。即便脓肿自身破溃或在切开引流下使得脓肿痊愈，仍然在治疗以后又再次发生肛周脓肿和局部的破溃。在这种情况下就应将瘘管完整切开，使新生肉芽组织由内向外的生成，才能治疗肛瘘而减少肛周脓肿。有时候肛周脓肿和肛窦炎等密切相关，这种情况应积极治疗肛窦炎等原发疾病，才能减少肛周脓肿的出现。