治疗毛囊炎首先需要进行积极的抗感染治疗，可以根据不同严重的毛囊炎症状而选择相应的治疗方案。
对于症状比较轻的毛囊炎，可以考虑局部使用抗生素类的药膏外涂，比较常用的药物是红霉素乳膏或者莫匹罗星乳膏；对于感染相对严重的毛囊炎，也可以同时口服四环素类的药物进行联合抗感染治疗。
有的毛囊炎患者是由于体内缺乏维生素A导致的毛囊角化，这种情况需要注意补充维生素A也可以局部外用维A酸乳膏，有利于促使油脂的顺利排出。
如果毛囊炎向深处发展，还有可能引起疖子或者痈的症状，这样还需要进行切开引流等手术治疗的方法干预。