新生儿复杂性心脏病主要是除了房室间隔缺损或者动脉导管未闭这些比较常见的、简单容易校正的心脏畸形之外，还有其他的先天畸形，主要包括法洛四联症，一般会合并多种畸形，比如室间隔的缺损、主肺动脉的骑跨音以及肺动脉的狭窄。再有其他的畸形，比如大动脉的转位，由于胎儿期间大动脉发育过程当中出现问题，而出现了大动脉与心室连接的错误，叫做大动脉转位。
当然还有复杂的先天畸形，比如主动脉缩窄或者肺动脉狭窄，都是由于在先天发育过程当中出现的问题，复杂的畸形都会造成新生儿的紫绀、缺氧，影响到患儿的生长发育，都为复杂的先天性心脏病。