巧克力囊肿术后并不一定是百分之百复发，但是复发的比例非常高。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，在做手术过程中，不可能把子宫内膜碎片完全清理干净，就有可能造成复发的情况。因为子宫内膜再生能力特别强，只要留有一点点，就会每个月随着月经周期而出现出血的现象，慢慢又在局部形成囊肿。所以巧克力囊肿的病人，术后建议给予达菲林进行治疗，时间是3个月到半年。也可以上宫内曼月乐环进行治疗，使子宫内膜萎缩，异位病灶也会萎缩，达到治疗的目的。