小孩子得自闭症，其病因复杂，至今尚不明确，可能和下列因素有关：
一、遗传因素，有研究表明，孤独症同卵双生子同病率36%-96%，明显高于异卵双生子同病率0%-24%，同胞患病率为2.5%-3%，比普通人群高50-100倍，所以提示孤独症与遗传因素有关。
二、脑器质性的因素，孤独症的患儿有围产期损伤史、脑电图异常、神经系统软体征及癫痫发作者多。磁共振研究表明，部分患儿存在着第四脑室扩大，小脑蚓部、小叶发育不良及脑干明显缩小。
三、神经生化因素，目前研究发现约1/3的孤独症患儿血中5-羟色胺增高，但这种现象也存在于患儿亲属中，故其重要性和具体的意义尚不清楚。
四、免疫学因素，已有研究表明部分孤独症患儿T淋巴细胞、辅助T细胞和B淋巴细胞数量减少，抵制、诱导T细胞，自然杀伤细胞活性减低。由此可能使患儿在婴儿期或新生儿期易受病毒感染，致中枢神经系统受损，从而发生孤独症。