肛瘘的最佳治疗时间是肛瘘处于发作间歇期时，此时肛瘘瘘管内没有急性的感染，瘘管周围组织也没有明显的红肿，瘘管本身纤维化也比较明显，这样就大大的利于在肛瘘手术时对瘘管的探查，可以避免遗漏瘘管和内口的处理、降低手术后的复发率、提高手术的治愈率。
肛瘘大多是由于肛周脓肿破溃或者经手术切开引流所产生的后遗症，是指患者肛门周围皮肤与直肠内出现了异常的瘘道，会表现为肛周反复的肿痛、流脓症状，多数需通过手术治疗，才能完全治愈。