出现肛瘘症状必须通过手术进行及时治疗。如果不手术治疗，保守的药物治疗效果非常差，会导致肛瘘症状进一步加重，造成更为严重的后果。
首先，肛瘘症状不及时手术治疗有可能会继续恶化，形成更多的瘘口和瘘道，导致大量脓液以及血水渗出，从而污染肛门周围的皮肤，引起肛门周围出现严重的瘙痒症状以及红肿、胀痛，还有可能会导致肛门周围皮肤严重破溃，从而继发感染。
其次，肛瘘症状继续恶化会严重的损害肛门括约肌，导致其功能受损，严重的会引起肛门失禁。肛瘘症状得不到有效的手术治疗，会导致皮肤或黏膜坏死，甚至是恶化现象。