尖锐湿疣初期的小丘疹可以是单个，也可以是多个，或者是成群的淡红色小颗粒，质地柔软，顶端稍尖锐，所以称为尖锐湿疣。有时候很小，以至于肉眼无法识别，主要的好发部位是在外生殖器和肛门周围，皮肤或者黏膜湿润区域。
男性一般发生在龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎或者会阴，女性一般发生在大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴以及肛门周围，少数患者也可以发生在肛门、生殖器以外的部位，例如口腔、腋窝、乳房和指缝等。其需要与假性尖锐湿疣鉴别，尤其是年轻女性，假性尖锐湿疣是呈密集分布的小丘疹，不会单个出现小丘疹，有些可以呈绒毛状、鱼籽状，直径是1-2mm大小相对一致的淡红色或者白色丘疹，呈对称分布，皮损表面光滑，群集排列但不融合，用手触摸时有颗粒感。