肠镜检查是一个侵入性的检查，比起其他的检查以及CT、彩超等无创检查有一定痛苦。
肠镜检查过程是首先要进行肠道准备，口服泻药、大量清水促进排便来清理肠道，在此过程中反复排便可能会引起腹部的疼痛，有部分人群对喝泻药后，还会诱发呕吐等症状；其次肠道准备完成后到进行检查时，需要将肠镜通过肛门进入肠道进行检查，在此过程中会引起肠道痉挛诱发疼痛。另外，进行检查时需要不断地进行充气，以便于观察肠道黏膜，因此受检者还会有腹胀的症状，但是大部分患者还是可以耐受这些痛苦的，对于非常敏感、难以耐受的患者，或者不能配合检查的儿童患者，可以考虑行无痛肠镜检查。