肠结核可以通过肠镜检查，此外使用CT检查、粪便检查、X线检查等也具有诊断的意义。肠镜检查对于肠道中多种疾病都具有诊断的意义，肠结核的患者在进行肠镜检查时，全结肠进行观察，一旦发现结肠中存在肿物形成，最好是进行活检。肠结核的患者在进行活检时，能够发现有干酪样坏死性肉芽肿、结核分枝杆菌的存在，以此对疾病进行诊断。
除了肠镜检查能够确诊肠结核外，有很多的检查方法都能诊断是否患有肠结核。肠结核的患者进行腹部CT检查时，能够发现有肠壁环形增厚，以此对疾病进行判断。在对患者进行血液检查时，对患者进行粪便检查时，能够在患者的粪便中找到结核杆菌，以此帮助判断疾病。X线检查对于肠结核也具有诊断的意义，但是有一部分结肠患者会伴有肠梗阻，这些人在使用X线检查时会受到一定的影响。