生理期卵巢囊肿主要是指女性在排卵期间出现的卵巢囊肿，这时女性的卵巢中的滤泡内以及黄体内都可以有液体，这些液体形成滤泡囊肿或者黄体囊肿。生理性的周期过去后就会缩小和消失，如果考虑是生理性卵巢囊肿是会自己消失的。
在每一个生理周期结束后囊肿就会慢慢消除。生理性卵巢囊肿可能会有小腹部疼痛、白带颜色发黄和异味、月经失调等症状，通常小腹内可以触及坚实且无触痛的肿块，有时性生活也会有发生疼痛。
当囊肿影响到激素分泌时就可能会出现阴道不规则出血或者毛发增多，如果囊肿出现扭转，会出现腹痛加剧、食欲下降、恶心、呼吸困难等症状。