儿童遗粪症的病因多种多样，涉及家庭、学校、环境及人际关系等多方面，是多种因素相互作用的结果，其发生机制可能与遗传因素、神经系统发育成熟延迟、教育方法不当及心理社会因素有关。
一、主要病因
1、便秘因素：许多调查资料显示儿童遗粪症与功能性便秘有密切关系，儿童便秘很常见，多为功能性，便秘是导致遗粪症最常见的前期症状。
2、社会心理因素：强烈的精神刺激、过度的情绪激动和严重的精神创伤对大脑皮质的排便中枢有抑制作用，可导致其不能完成正常的排便动作，结果肛门失去控制使大便溢出。
3、神经系统功能不全：肛门括约肌的去神经支配是遗粪症发生的原因之一，即支配肛门括约肌的神经损伤。
4、肥胖因素：肥胖与功能性大便失禁有关，可能是肥胖儿童的低纤维素和高能量饮食导致大便干结形成粪团，在儿童不经意时落在内裤里或其他地方造成功能性大便失禁。
5、其他因素：儿童生活环境、遗传因素等在儿童遗粪症中也起到一定作用，有阳性家族史的患儿排便障碍症状发生时间较早、持续时间较长、并发症较多且诱发因素较少。
二、诱发因素
长期低纤维高能量饮食、强烈的精神刺激、过度的情绪激动、夜间睡眠过深、紧张、焦虑、抑郁和严重的精神创伤，可以诱发儿童遗粪症。