男性尖锐湿疣如果疣体比较小，可以考虑首先用药物治疗，常用的有0.5%的鬼臼毒素酊，它具有一定腐蚀性，可以使局部疣体坏死脱落。另外，还有咪喹莫特乳膏，刺激性相对比较小，但是起效较慢，可能需要4-12周左右，能使小的尖锐湿疣消退。
如果大的疣体，建议首先还是采取物理治疗，比如二氧化碳激光、液氮冷冻、电离子灼烧等方式去除疣体，然后再配合使用干扰素外用或者是肌肉注射，来减少复发。治疗之后一定要定期复诊，因为局部可能有亚临床的HPV病毒感染，一次治疗难以清除彻底。一般都需要反复数次治疗才能将局部的病毒彻底清除，实现治愈。