衣原体尿道炎它的潜伏期会比较长，可以达到数月，在衣原体尿道炎的感染初期，可能会有尿道内的不适症状，包括会有排尿时候出现刺痛还有烧灼感。
另外可能随着病情进展，会出现不同程度的尿频、尿急、尿痛，还有尿道口会有轻微的红肿、瘙痒，可能会有稀薄、少量的脓性分泌物，在长时间不排尿或者晨起第一次排尿前，这种分泌物会比较明显。
衣原体感染所引起的尿道炎症状，会比淋球菌性尿道炎等其他病原体感染导致的尿道炎症状稍微轻一些，很容易忽视了治疗导致炎症迁延不愈，从而引起相互传染播散而引起其他生殖器官的感染。