宝宝蛋白质消化不良，可以使用益生菌、复方胃蛋白酶、健脾养儿颗粒，宝宝出现蛋白质消化不良时，会出现腹痛、腹胀、腹泻。对宝宝的身体发育造成影响，可以使用药物治疗，口服益生菌，主要是补充肠道系统中的各种有益菌，提高肠道对营养物质的吸收、消化，促进肠道系统中的内容物排泄，改善消化不良。
复方胃蛋白酶服用后能够补充胃内蛋白酶，促进蛋白质类食物的消化，药物中的主要成分有山药、鸡内金，对人体不会有副作用，尤其对蛋白质消化不良具有调节作用。健脾养儿颗粒是属于中成药物，主要的作用是醒脾开胃、固肠止泻，提高脾胃功能，帮助胃内食物消化。