肌肉萎缩可以是很多种疾病导致的，也可以是正常的生理现象，比如患者天天不动躺床上，肌肉就会萎缩，到老了肌肉也可能会减少，会有萎缩。一般对于正常人来说，肌肉萎缩可能是一些病理性的，可以是肌肉本身的疾病，也可以是神经肌肉接头处的疾病，还也可以是下运动神经元的疾病导致。
肌肉本身的疾病，如肌炎、肌病、肌营养不良会引起来。神经肌肉接头处的疾病，如重症肌无力，有一型也可以出现。另外下运动神经元的疾病，比如脊髓的疾病和神经根的损伤，都可能会导致，如脊髓肿瘤、颈椎病、腰椎间盘突出等压迫脊髓神经。另外各种引起神经根的疾病，慢性格林-巴利综合征的神经根病变，也会引起肌肉的萎缩。运动神经元病、肌萎缩侧索硬化、进行性脊肌萎缩也会出现，再有全身的系统性疾病，比如厌食、营养不良、库欣综合征、甲亢等也会引起肌肉萎缩。还有骨折或者关节炎固定、长时间不动，是废用性的，也会导致肌肉萎缩。