胃肠道间质瘤临床的症状变化多样，跟肿瘤的大小、发生的部位、肿瘤与胃壁的关系以及肿瘤的良、恶性等有关。常见的症状有消化道出血，包括呕血、黑便、腹痛，部分还可出现吞咽困难、贫血、进食梗阻、腹部包块等。
1、乏力：因肿瘤缓慢出血引起贫血所致乏力。
2、肿瘤转移症状：肝转移、腹腔种植播散是常见的转移，会出现皮肤发黄、小便色黄、恶心、腹痛、腹胀等症状。
3、精神损害：疾病的发生易给患者造成极大的心理压力，造成严重的精神损害。