桥本甲状腺炎有相当一部分病人，可以伴有轻度的甲亢或者甲减以后，又恢复到正常的甲状腺功能状态，这种情况叫桥本甲状腺炎的自限性。这种自限性通俗的说会自己好，没有通过药物特殊的控制，桥本甲状腺炎的自限性使病情稳定，就是自我的恢复，这种情况在一定环境、条件的促发下有可能复发。
因为桥本甲状腺炎就是自身免疫性疾病，自身免疫性疾病往往跟患者个体的自身免疫遗传缺陷有一定关系，也就是桥本甲状腺炎的自限性表现是甲状腺炎恢复到正常的时候，但是潜在的再发病体质也存在。如果遇到病毒感染、自身免疫功能紊乱，有某些诱发因素存在的时候，又会触发自身免疫的疾病。这种自身免疫疾病发生在甲状腺，会导致桥本甲状腺炎疾病的复发。桥本甲状腺炎自愈后有一定的程度会复发，所以桥本甲状腺炎要想预防不复发，就要保持正常的生活状态，要提高免疫力、避免感染等等情况，努力使自己有潜在遗传风险的个体不再发生桥本甲状腺炎，使复发风险降到最低。