肛瘘手术的时间并不固定，和肛瘘的类型以及复杂程度直接相关。具体如下：
1、低位单纯性的肛瘘：瘘管非常明确，可以在手术中迅速探查到瘘管以及内口，行瘘管切开或者切除手术，手术也非常简单，所以持续时间比较短，一般在半小时之内就可以完成手术。
2、高位肛瘘或高位复杂性的肛瘘：由于有多根瘘管、多个外口甚至多个内口。所以其手术时间就会延长，会超过半个小时，甚至需要1-2个小时以上的时间。
肛瘘患者需要及时去医院就诊，并行手术治疗，因为肛瘘病无法自愈。