肛瘘想要进行治疗，主要还是要通过手术的方法进行治疗。肛瘘是由于肛周脓肿溃破以后所留下来的管道，属于肛门周围感染化脓性的疾病，主要是通过手术进行根治性的治疗，如果临时没有时间进行手术治疗，想要进行药膏的治疗，一般会建议使用马应龙麝香痔疮膏，肛泰软膏以及九华痔疮膏都有一定的效果，但从根本上无法解决肛瘘的情况。所以，只要是有时间进行手术治疗，还是建议第一时间通过手术的方法进行治疗，手术之后也要按时进行换药，注意保持创面的清洁以及引流通畅，因为肛瘘手术之后也还是有一定复发几率的。