关节囊肿是关节腔内的润滑液经过关节囊的薄弱区渗透到皮下，在关节外形成囊性的肿物，囊肿与关节腔是相通的。但在囊肿与关节腔之间的关节囊的部位会形成单向的阀门，一般都是关节液向囊肿的进入，囊肿关节液很少形成反流，因此囊肿会逐渐地增大，不太容易自行的消失。
膝关节囊肿是最常见的，囊肿会凸到腘窝深部，也称为腘窝囊肿，囊肿常常会压迫神经和血管，导致下肢酸痛，可以手术切除。
手术是两种方式，一种是俯卧位，在腘窝后方做横行切口，将囊肿显露开之后保护神经血管束，切除囊肿，并将囊肿在关节囊出的附着点进行加强缝合，另一种方式是在关节镜下，将关节镜进入到内侧间室的后方，找到关节囊的薄弱区，充分打开，形成囊肿与关节腔相通，手术技术称为内引流术，引流成功之后囊肿会逐渐的缩小。