黄体囊肿是一种生理性囊肿，一般情况下不需要治疗。当生理期过了以后，黄体囊肿就会自行消失，只有当黄体囊肿出现合并症，如出现囊肿蒂扭转时，这时才需要进行治疗。
黄体囊肿常常出现在月经的后半期，其大小常常是小于5cm，极少数的黄体囊肿可以达到6-7cm。由于某些情况，特别是体位改变时，极少数人会出现卵巢囊肿蒂扭转，出现了蒂扭转就会出现急性腹痛的急腹症，这时如果保守治疗无效，则需要进行穿刺放液或者手术治疗来缓解症状。绝大多数没有出现症状的黄体囊肿只需观察，无需进行药物或者其他治疗，肿物均可以自行消失。