卵巢囊肿的发生病因不明，先需要区分属于生理性囊肿，还是属于病理性囊肿。生理性囊肿多于月经周期中晚期发现，没有不适症状，囊壁薄而且无回声，不需要特殊治疗。
病理性囊肿需要手术，病理检查明确良恶性质，暂无药物治疗方法，唯一可以药物治疗的囊肿为巧克力囊肿，其实就是常说的子宫内膜异位症，需要经过医生的判断，方能选择合适的药物。