附睾炎按照病因分为细菌性附睾炎、支原体性附睾炎、衣原体性附睾炎、滴虫性附睾炎、非感染性附睾炎，治疗原则，明确诊断，选择敏感性抗生素抗感染治疗，剂量足、疗程长。急性附睾炎2-4周，慢性附睾炎需8-12周。细菌性附睾炎口服头孢类抗生素，衣原体或支原体附睾炎选择喹诺酮类或大环内酯类抗生素，滴虫性附睾炎选择甲硝唑或替硝唑。
非感染性附睾炎最好还是选用头孢或者喹诺酮类抗生素，结合清热祛湿的中成药改善肿痛症状。不明原因或多种原因引起的急性附睾炎，可联合两种类型以上的抗生素口服，避免延误治疗，拖延变成慢性附睾炎，错失治疗最佳时机。