腹泻引起肛门疼痛是由于腹泻时肠液增多，刺激肛门部位的皮肤，引起的炎症导致疼痛。治疗上首先要治疗腹泻，如果是急性肠炎导致的腹泻，可以应用抗生素治疗，补充电解质和体液。如果是肠功能紊乱导致的腹泻，则可以应用益生菌制剂进行调理，如布拉氏酵母菌散等药物口服。肛门局部治疗可以应用高锰酸钾坐浴，涂红霉素软膏，并保持局部干燥。