疱疹性咽峡炎是病毒感染，一般在1周左右可以自行痊愈。
疱疹性咽峡炎的预后比较好，在治疗期间需要适当服用一些抗病毒的药物，比如抗病毒口服液、蒲地蓝消炎口服液。另外，需要大量喝水、卧床休息。如果出现全身的症状，比如发烧、血象增高，需要给予抗生素联合治疗，建议充分应用抗生素以及抗病毒药物。儿童患疱疹性咽颊炎的比例比较高，所以不要大意。如果治疗不彻底，个别患儿会出现脑膜炎、无菌性脑膜炎等，甚至引起比较严重的并发症。
患者在饮食上应注意补充营养，食物不宜过热，以清淡为主，忌食油腻、刺激性食物，如酸、甜、辣、咸、热、硬等。注意口腔卫生，可用淡盐水漱口。食具要进行沸水消毒处理，避免造成感染。