着色芽生菌病治疗主要以促进皮损愈合为主，主要通过药物治疗，并配合局部温热疗法、手术治疗、冷冻治疗、光动力疗法等治疗方式。
一、药物治疗
1、外用药物：
（1）两性霉素B：可在病灶内注射两性霉素B，对敏感真菌感染宜采用较小剂量，疗程宜长。本品毒性大，不良反应较多，但它又是治疗危重深部真菌感染的唯一有效药物，使用本品时须慎重，治疗期间严密随访血、尿常规、肝肾功、血钾、心电图等，如血尿素氮或血肌酐明显升高时，则需减量或暂停治疗直至肾功能恢复。
2、系统药物：
（1）伊曲康唑：伊曲康唑吸收良好，口服后2.5小时内可达血浆浓度峰值，主要在肝脏代谢。儿童、老年患者在利大于弊时，可考虑使用本品或在医生指导下服用。伊曲康唑不良反应发生率伊曲康唑约为7.1%，多为与其他药物发生相互作用，因此服用本品时要谨遵医嘱。
（2）5-氟胞嘧啶：与两性霉素B合用，有明显的协同作用。对氟胞嘧啶过敏者禁用，常见腹痛、腹泻、恶心、呕吐、意识模糊、头痛、幻觉等胃肠道、神经、精神系统不良反应，严重可影响心血管、血液系统及肾功，用药期间应定期检查血象。
二、手术治疗
外科手术切除，手术主要针对皮肤感染范围小的患者，对于早期感染范围局限在一定区域的着色芽生菌病的治疗效果较好，无复发案例。但对于感染范围大的病人来说比较麻烦，手术切除后需要进行植皮，手术难度增大、手术费用增加，最为重要的是病人痛苦增加。
三、物理治疗
1、局部温热疗法：使用蜡疗、热沙疗、热辐射等方法，使局部皮温升至40~50°，对有些病例有效。局部热疗不仅能够促进血管扩张及抗菌药物在组织中的扩散，提高药物吸收，且高温能抑制真菌生长，对辅助治疗有非常大的价值。
2、冷冻治疗：冷冻治疗是使用棉拭子在病灶局点滴液氮或使用液氮喷雾治疗的物理疗法。但冷冻会给患者带来明显疼痛感，可引起治疗部位水肿，形成水疱、结痂以及伴发细菌感染，并有留下明显疤痕的可能，不适用于面积较大及特殊部位的患者。
3、光动力疗法：光动力疗法其原理是通过病灶局部选择性光敏化作用来破坏肿瘤和其他病理性靶组织，同时联合抗真菌药治疗，可取得明显疗效，近些年，光动力技术治疗着色芽生菌病在临床上的应用也不断增加。