十二指肠间质瘤一旦确诊，首选治疗方法是手术，因为胃肠间质瘤扩散途径是血行转移，术中无须淋巴结清扫。如果肿瘤为局部晚期或发生了远处转移，可用药物治疗，对于十二指肠间质瘤，化疗的效果差，须用分子靶向治疗，即甲磺酸伊马替尼片400-600毫克/天，如果经过分子靶向治疗达到了手术切除的条件，可以行手术治疗。如果手术切除后出现了复发或转移，也可以用分子靶向治疗。分子靶向治疗伊马替尼治疗失败后可以口服舒尼替尼。