抑郁症头痛在治疗上首先选择药物治疗，抑郁症的发病除了表现出情绪心情不好之外，也会伴发很多躯体化的症状，比如头痛、浑身不舒服等。所以在治疗上应该首先选择药物治疗，药物治疗主要是选择抗抑郁的药物，抗抑郁的药物包括盐酸舍曲林、盐酸帕罗西汀、氢溴酸西酞普兰、草酸艾司西酞普兰等。
这些抗抑郁药物在改善抑郁症，改善抑郁症引起的头痛方面有很好的疗效。另外，头疼在抑郁症的治疗上也推荐心理治疗，抑郁症除了表现情绪不佳之外，会伴发很多躯体化的症状。躯体化的症状从心理学解释上来讲，躯体化症状本身就是情绪或者心理上的表达，所以通过心理治疗能够积极的改善躯体化症状。
同时也建议抑郁症头疼的病人尤其是伴有头痛剧烈，这个时候更应该采取积极的运动，通过运动能够间接的达到缓解抑郁、缓解头痛。