很多病毒都可以引起心肌炎，其中以肠道病毒，包括柯萨奇a，b组病毒，孤儿病毒，脊髓灰质炎病毒等为常见，尤其是柯萨奇b组病毒，约占30%-50%。此外，人类腺病毒、流感、风疹、单纯疱疹、脑炎、肝炎病毒以及HIV等都能引起心肌炎。病毒感染心肌的确诊有赖于心内膜、心肌、或心包组织内病毒、病毒抗原、病毒基因片段或病毒蛋白的检出。