甲状腺功能减退的治疗需要每日服用甲状腺激素药片，在服用4-6周以后，医生或护士将检测血液，以确保甲状腺激素达到水平，可能会根据检查结果来调整用药剂量。
大多数甲状腺功能减退的患者需要终身服用甲状腺激素药片，甲状腺激素药片有不同的商品名制剂和通用名制剂，所有的药片均同样有效，但是不应该更换正在使用的药物制剂，药物之间的更换可能会导致激素水平产生波动，绝对不要自行改变甲状腺激素用量。服用过多的甲状腺激素，会引起心率的问题，甚至会损伤骨骼，甲状腺功能减退一定要在医生的指导下坚持治疗。