肠道寄生虫病的治疗需要找出寄生虫种类，选择合适的驱虫药物，根据病人的临床分类，决定疗程长短。此外，患者需要搞好个人卫生，改善居住环境。
一、一般治疗
患者需注意改善居住环境，室内勤通风，饭前便后要洗手，注意个人卫生。
二、药物治疗
1、肠虫清：该药为广谱驱虫药，除用于治疗钩虫、蛔虫、鞭虫、蛲虫、旋毛虫等线虫病外，还可用于治疗囊虫和包虫病，少数病例有口干、乏力、思睡、头晕、头痛，以及恶心、上腹不适等消化道症状，但均较轻微，不需处理可自行缓解。
2、甲苯咪唑：甲苯咪唑为一个广谱驱肠虫药，体内或体外试验均证明能直接抑制线虫对葡萄糖的摄入，导致糖原耗竭，使它无法生存，具有显著的杀灭幼虫、抑制虫卵发育的作用，但不影响人体内血糖水平，可用于防治钩虫、蛔虫、蛲虫、鞭虫等肠道寄生虫病。
3、阿苯达唑：阿苯达唑是一种广谱驱肠虫药物，用于驱除蛔虫、蛲虫、钩虫、鞭虫。
4、甲硝唑：甲硝唑对于治疗阿米巴、鞭毛虫感染有良好的效果，但孕妇忌用，可能对胎儿产生影响。
三、手术治疗
如果感染了阿米巴，造成阿米巴肝脓肿，可进行穿刺引流，将脓液排出体外，缓解症状。