B超是确诊巧克力囊肿的一种方法，但是不是唯一的办法。因为超声检查是诊断卵巢异位囊肿，和膀胱直肠内移位症的重要方法。可以确定异味囊肿的大小，包括形状，诊断性和敏感性均在96%以上。所以B超会存在有96%的准确性，能够确定是不是巧克力囊肿。并且在进行检查的时候一般会表现为囊肿呈圆形或者椭圆形，与周围特别是子宫黏连。囊壁厚而粗糙、囊内有细小的絮状光点。因囊肿的回声图是没有特异性的，所以不能够单纯的依靠超声图来进行详细的确诊。可以进行盆腔的CT扫描或者磁共振对盆腔异位症有诊断的意义，因为这个费用会比较贵，一般情况下还是以彩超。随诊同时如果想要百分之百的确定，那必须进行腹腔镜的探查然后进行病理化验，这个是百分之百的准确。