男性不孕不育的检查首先是要对病史进行采集，包括不育年限、有无性生活或射精障碍、不育相关检查和治疗经过、既往疾病和治疗史，如腮腺炎、糖尿病，手术史如双管输精管结扎术，个人史如高温环境暴露、吸烟、酗酒和吸毒，以及家族病史等。同时要进行体格检查，包括全身的检查和生殖系统的检查。
精液分析是不孕症夫妇首选的检查项目，要根据世界卫生组织人类精液检查与处理实验室手册进行，需行2-3次精液检查，以明确精液的质量。同时还要进行一些辅助检查，包括激素的检测、生殖系统超声和遗传筛查等。